อาการไม่พึงประสงค์จากการใช้กานามัยซินที่รุนแรงนั้น ได้แก่ การได้ยินเสียงผิดปกติในหู หรือ การสูญเสียการได้ยิน ซึ่งเป็นสัญญาณที่บ่งบอกถึงภาวะที่ยาเป็นพิษต่อหู, การเกิดพิษต่อไต, และปฏิกิริยาการแพ้ยา[8] ส่วนอาการไม่พึงประสงค์อื่นที่อาจพบเกิดขึ้นได้ ได้แก่ คลื่นไส้, อาเจียน, ท้องเสีย, โรคกล้ามเนื้ออ่อนแรงชนิดร้าย, ปวดศีรษะ, ความรู้สึกสัมผัสเพี้ยน, การมองเห็นผิดปกติ, กล้ามเนื้ออ่อนแรง, และการดูดซึมอาหารผิดปกติ[6]